故事发生在一个虚构的背景时代。相邻的两个国家—北边的伊鲁密娜帝国和南边的艾伦西亚王国一直处在一个面和心不和的冷淡关系下。突然有一年，伊鲁密娜帝国的皇帝驾崩了，野心勃勃的伊鲁密娜帝国3将军之一的“天公将军”艾凡拜特拥立了年仅1岁的幼女“瑟列卡”为帝，自己在后台掌管起了生杀大权。然后这个野心家以迅雷不及掩儿之势挥兵南下，进攻艾伦西亚王国……

经济力，军事力都远远不及伊鲁密娜的艾伦西亚王国怎会是对手。年迈的国王领兵奋战，最终战死沙场。首都也被攻占，艾伦西亚王国成为了伊鲁密娜帝国的附属领地。

故事发生在这场战争的8年后……一天，一个少年乘船来到了旧艾伦西亚王国港口……一个人独自踏上了这片旧土……

这个名叫“海杰尔”的少年就是本作的主人公了。也是个散散漫漫的家伙，很像《圣魔大战》中的修伊（姐妹篇嘛~笑~）。刚刚踏上旧艾伦西亚王国的土地，就遇到了卖艺姑娘“李明华”（这个……实在是亏日本人能想的出如此中国风味的名字来）。于是莫名其妙的被卷入一场无聊争斗，2人双双被关到了“拘留所”。本以为没什么大不了的一件事，却被军事家们利用为陷阱，想来借此2人引出残留的旧艾伦西亚抵抗军（中文版中翻译的是“解放军”，哈哈，没什么不对的不过看到“解放军”3个字就总是想笑~），2人生命受到威胁……

刑场上，千钧一发的时刻突然炮声大响……抵抗军出现了，为了赢得旧艾伦西亚人民的信任，为了打击执政官们嚣张的气焰，抵抗军出兵营救这2个受到牵连的人，并救下了2人……

“对不起，由于我们使得2位受到了牵连，很是抱歉。我们的长官想见见2位并向位道歉”
“你是……你是拉碧丝……”
“……你……你是……你是海杰尔……你没有死！我以为……我以为你已经……”

女孩眼中流下了喜极的泪花……从这滴滴泪光中，不难看出她这8年的思念……
一场宏大的战斗史剧，一个动人的爱情故事就此开始……

此作与《圣魔大战》一样，都有一个出色的故事脚本。《圣魔大战》偏向于“何为正，何为邪……探询真实”这样一个中心矛盾；《艾伦西亚战记》则在正邪相斗的情况下，更加偏重于“人与人之间的友情，爱情的描述”。从此作中可以感觉到同伴之间那忠实的信任感，情侣之间那微妙的内心世界，或是埋藏在人心中的那卑略罪恶的念头。