「treasure hunter（宝物猎人）」――
游走于世界中各处遗跡，寻找隐藏起来的宝藏。主角的父亲亦是其中之一，而且技术一流。与主角之母两人不顾大组织，突然的进入遗跡夺取宝物，而且不止一次是这样。因此孩童时代的主角一直憧景着父母，甚至视之为理想。然而这种做法招来了不满，因而遭到追杀。

主角与妹妹亜紀坐在车上，前坐的父亲全力在Axe踏|（加速装置，油门?），回头一望，追赶的是一架以非常人可理解的大货车。而那助手席上坐着的面部有刀伤的男人，正以仇恨的目光赶上来。驶到了平时必经旁边是大海的道路，大型货车同一时间也发动了攻势，结果主角一行的车被迫向大海。主角之父最后将一颗小型球状物交了给主角并托付主角要好好守护这伙「珠」。然后就将主角与妹妹亜紀拋出车外……

到醒来时，主角已在医院。眼前只有有烟臭味的可疑的大叔，名为「村田」的大叔是，主角的父亲的老朋友。持有这间病院，也是某组织的一员。然后说出了父母双亡的消息，不思议地事情没有实感，到主角察觉时才想到这场事故为啥他能保命，还有「珠」去了何处，是甚么来的？答案，很快就出来了。月夜之晩，主角体内像受到冲击一样并感受到庞大能量，身体则有种难以忍耐的痛楚。村田大叔的猜测是那大概是－『珠』的力量……

『珠』――这伙不思议的物体，在事故中进入了当时濒死，受了重伤的主角体内，然后肉体就再生了！可说是救了主角一命。珠的力量现在就突然发动了，把全部东西破坏的强大力量。主角对这种力量充满疑惑，结论是这可能是「――オーパーツ（时代错误遗物）」。终于『珠』的力量沉静起来了，那已经是临近早上了。看着破坏病室，村田大叔抽着烟这样说，「正也……考虑用这力量当treasure hunter（宝物猎人）吧」。

后来，主角和妹妹亜纪被叔父夫妇领养，有了个叫美里的新母亲，还有彩香，育乃两位妹妹――
失去一切的主角与亜紀，有了新的家庭。

在那之后的８年――
今日主角也用学园隠藏了的电梯，进入地下的「キヨミネ遗跡」进行探索，主角之父最后到达的地方――也是在这发现的『珠』。
　
主角上学的「清岭学园」――
学园地下埋藏了巨大遗跡「キヨミネ」，当然这件事是没人知了，treasure hunter也……
不过现在的主角已经不单单是treasure hunter了。前日，社会化教师，遗跡调査责任者的村田大叔，任命主角些事---遥远的太古超文明……「Lost・Civilization（失落的文化）」。那文明残留的比现代科学的水准还要进步的物品――「オーパーツ（时代错误的遗物）」时有出土。为了守护文物，而赋与了一些人绝大的权力，直属国家，只有5人，拥有「封印权権限」的特别的treasure hunter。那就是「エグザミネイター（意大概作遗跡保+发掘者）」，这也是主角的身份，任务。