三个end∶『天狱』，接受vss社长的诱惑，射杀彩音，在月菜受训练时两人做了，会进入这个被完全洗脑的end。每天过著不是用机枪就是用金枪的生活...『苏生』，跟被洗脑的月菜战斗要是输掉的话，就会进入这个end 。成为除了怜之外的第二个电子体幽灵，永远的活在网路世界里面。以上条件完全相反的话就是trueend 。在最後因为赢了月菜，顺便把洗脑控制的ai系统破坏殆尽。vss 社长因为必须跟洗脑控制系统连结，结果来不及脱出而导致切断脑死。没被完全洗脑的月菜虽然逃过了系统毁坏时导致的过负荷伤害，但是脑中的生物晶片已经毁坏而无法使用。透也金盆洗手不干骇客，成为普通的程式技术师。两人过著再平凡不过的生活...

从她的剧本才开始对整个剧本的重要部分有所著墨，真正的第一次剧情高潮在这边。前面的可以说是让你先熟悉机器人动作游戏的部分...

リャン然後是第三个立场∶透加入反晶片组织。在加入军队之後的第六章的战斗里面，会在战场上遇到以前的好朋友あきら。彩音会出现并想把他干掉，要是主角为了保护朋友跟彩音打的话就会进入这条路线。

在战斗的途中，为了求胜不择手段的彩音会变形成为透要复仇的对象机体，自然是非报仇不可。结束之後虽然没有夺取彩音的命，不过军人私斗加上被怀疑是间谍，罪不可赦。就在被关进牢里的晚上，被あきら和リャン救出来。

リャン也是晶片实验体，中国风的少女。具有过人的记忆力，但是却无法融会贯通。另外晶片有副作用，让她同时具有超级健忘症。起先，透对於反晶片联盟抱有不太好的印象。到了联盟的老巢，看到的景象却让他当讶异，小孩们快乐的玩耍，大家也努力的工作，一点也没受到欺压的感觉。因为他们都是逃离这个晶片社会的边缘者，没有加装晶片的他们，在一般社会上根本无法生存。战斗员们更是一个个的小孩子，透这时才发现，原来他之前竟然对这些无辜的小孩们动手。因为对这个组织的厌恶而一直不肯出手的透，在基地的生活里面渐渐了解整个组织的处境，才开始出手以消极的方式保护这些战斗员。

之後在一场对晶片工厂的攻击里，クウォン要胁洗脑晶片制造员说出真相的时候，全员咬舌自尽。透在惊讶之馀，从vss 的资料库里面得到整个洗脑晶片的真相，而开始帮助这个集团。みのり的剧本中，小孩集体死亡的原因也会在这边交代清楚。

クウォン知道整个组织快不保了，把两人往城外送，透经由バチェラ知道ゲンハ的内反而赶回去，果然vss 和军队一起对组织发动攻击。最後组织的基地自爆，透的连接地被八木泽发现，而找上门来。知道了洗脑晶片的透为了不想进监狱被加装更生晶片而宁愿选择死亡。最後透跟八木泽两人使用决斗的方式来决定一切...

决斗输掉进入『忘却』，透进入监狱被加装更生晶片，只要想做坏事就会被电击。( 让我想起南方公园电影版...)而リャン因为严重的健忘症发作而把透完全忘记了...赢了的话走向trueend。リャン突然严重发作，藉由神圣的仪式来紧紧抓住记忆不放。

バチェラ=朝仓ひかる=木『山岛』宣子四个剧本之後，整个架构大致上完成了。剩下的就是在各个章节埋下的各种问题。其中一个，就是透在『草原之狼』时代的谜之夥伴バチェラ。也是改良计划的实验体，有著像newtype般的反应速度，不用藉助ai 就可以自己完成的超强运算能力。使用男性口调外加变音，大家都以为是个男生。