故事从一个少女出现在主人公的身边开始。她得到5年前主人公死去的父亲的信息、说当她生活有困难时可以去找主人公帮忙。无法抛弃带着父亲信息的少女的主人公抱着种种疑问，开始与她一起生活。慢慢地，她适应了与主人公一起过的生活。
但是在这个城市里，出现了几起没多大人留意的事件。

一星期前发生了的地震。同一时间出现了的少女。城市中所发生的几起入室盗窃事件。被列为都市传说的幽灵宅邸——
看起来似乎完全没有关联，然而存在着一条线，即5年前的事故，将几件事给串联起来。

与少女所拥有的秘密有关联吗？主人公他们会选择走怎样的道路呢？一个以人与越过某条界限为主题的纯爱故事诞生了。

故事简介：

「她有点怪，还有着比谁都要洁白的心――」

不久之前还是乡下地方、如今已经快速发展成为盛行科学研究的城市——長浜研究学園都市。
5年前因事故而失去了亲人的大学生椋木悠斗，在这个城市里与母亲二人一起生活。
青梅竹马的玩伴真央、后辈心音、城市的杂货铺拥有者式澤以及助手笹原、还有一直照顾着他的他打工所在店的店长——
与洋溢着浓重科学气味的城市不同，这里有着一种虽然忙碌、却又温暖的氛围。
在这没有丝毫改变的日子里，一个少女拜访了他。一个纯洁无垢的少女、ユキ。
他遇上了好象与他父亲的死亡事件有关的少女。
然后，悠斗从几起事件中得以了解过去的事件的真相――。